Dès lors que l'entreprise dispose d'une stratégie et des moyens financiers adéquats, il reste au futur repreneur de s'assurer qu'elle dispose des capacités opérationnelles performantes. Il fera une analyse critique de tels ou tels aspects opérationnels en fonction du type de l'entreprise cible. Par exemple, le point critique sera l'expertise des équipes pour une entreprise de services; l'usine pour une entreprise industrielle; la logistique pour une entreprise de distribution, etc.
Les petites entreprises ont en plus une faiblesse récurrente: l'intuitu-personae de son dirigeant. La mise en place d'un numéro deux avant de vendre une entreprise, ou d'un encadrement intermédiaire, pourrait nécessiter un an ou plus de délai.

Avant de vendre une entreprise, il s'agit de vérifier que juridiquement rien ne fasse obstacle à la future cession du point de vue interne (pacte d'actionnaires, clause d'agrément,...) ou externe (contrat de licence lié par intuitu-personae,...). Il faut également identifier les actions légales potentielles ou avérées à l'encontre de la société, y compris les risques environnementaux et sociaux.